断糖减肥法的危害主要包括低血糖、恶心、呕吐、困倦、嗜睡，严重的可能会出现脱水、头晕，甚至酸中毒。
断糖减肥法在饮食结构上类似于生酮饮食，如果是特别严格的断糖减肥法，即严格的不吃任何碳水化合物，甚至脂肪类的摄入也很少，只吃纤维素类和蛋白类的食物，营养成分不均衡，导致身体所需要的能量物质也会不均衡，因为身体内能直接运用的能量物质只有葡萄糖，此时只有吃纤维素类和蛋白类的食物才可以达到均衡。
人体所需要的能量不是由糖原分解而产生，就是由糖异生转化来的，糖原分解相对比较安全，肝脏和肌肉都有储存，但当这些分解完后糖异生的过程就会产生酮体，即三羧酸循环会产生酮体，而酮体随着糖异生的持续，酮体会越来越多，就会发生不良的症状，如恶心、呕吐、头晕、困倦、嗜睡，甚至脱水或酸中毒。
除此之外，因为断糖减肥法摄入的碳水基本没有或特别的少，所以在糖原分解完后在糖异生的过程中，可能会因为糖异生的速度比较慢，而导致低血糖的发生，所以糖尿病患者不太适合进行断糖减肥法。