精神发育迟滞和自闭症二者的症状不同。
大多数儿童自闭症患者，约75%存在智力缺损，但其突出的临床表现是社会交往障碍、言语和非言语交往障碍、兴趣范围缩窄和僵硬、刻板的行为方式，对非生命物体的过分依恋而精神发育迟滞患者无刻板的行为方式，对人有情感反应，甚至主动与他人交往，依恋父母。
大多数自闭症共病不同程度的智力低下，临床上容易误诊为精神发育迟滞，而漏诊了自闭症，鉴别要点是自闭症患者的语言发育障碍、社会交往在明显落后于患者的智力发育水平，并有兴趣狭窄和行为刻板的临床表现，精神发育迟滞患者的语言和社会交往能力与智力水平相称，智能发育全面低下。