慢性血吸虫病的临床症状有血吸虫性肉芽肿肝病和结肠炎，两者可同时出现在同一患者身上，也可出现以一种表现为主，最常见的症状有慢性腹泻，脓血黏液便，这些症状时轻时重，时发时愈，病程长者可出现肠梗阻，贫血，消瘦，体力下降等，严重的患者可有内分泌紊乱，性欲减退，女性可出现月经紊乱、不孕等症状。
早期表现为肝大，表面光滑，质地中等，随着病程的延长，进入肝硬化阶段，肝脏可出现质硬，表面不平，有结节，脾脏逐渐增大，下腹部可触及大小不等的包块，为增厚的肠系膜，大网膜和肿大的淋巴结，此外，因虫卵沉积可引起肝纤维化，是黏连、缠结所致。