预防恙虫病的发生主要从以下三个方面进行预防：
第一，控制传染源：主要是灭鼠，采取综合措施，利用各种捕鼠器与药物灭鼠相结合的方式进行灭鼠行动，常用的灭鼠药物有有磷化锌、安妥和敌鼠等，患者不必隔离，接触者也无需检疫。
第二，切断传播途径：关键是避免恙虫幼虫的叮咬，不要在草地上坐卧，在野外工作活动时必须扎紧袖口，裤脚，并可涂上防虫剂，如邻苯二甲酸二苯酯和苯甲酸苄酯，此外应改善环境卫生，除去杂草，消除恙螨滋生的环境，或在丛林草地喷洒杀虫剂和消除恙螨。
第三，保护易感人群：目前恙虫病疫苗处于实验研究阶段，尚未有成型的疫苗用于人类预防。